STIKes Siti Hajar didirikan sejak tahun 1997 yang lalu ( dulu AKFIS Siti Hajar Medan berdasarkan Surat Keputusan Pusdiknakes No. HK 06.1.1995 ), dan pada saat ini Akademi Fisioterapi Siti Hajar Medan telah menjadi STIKes ( Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan ) dan mengadakan Program Studi DIII dan S1 sesuai Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 556/E/O/2014. Latar belakang didirikannya STIKes Siti Hajar ini adalah berdasarkan pemikiran bahwa di kota Medan saat ini masih sedikit Institusi yang menyelenggarakan Program DIII maupun S1 Fisioterapi. Dan dari jumlah lulusan SLTA Sederajat, hanya sebahagian kecil pula yang dapat ditampung melalui Pendidikan Tenaga Kesehatan Program DIII/S1 Fisioterapi tersebut. Maka salah satu upaya untuk mengatasi masalah ini, Yayasan Siti Hajar Khusnul Khotimah berupaya untuk mendidik tenaga terampil yang siap pakai sesuai dengan makin meningkatnya kebutuhan masyarakat akan tenaga fisioterapis. Tahun 1997-1998 adalah sebagai tahun akademik pertama dimulainya STIKes Siti Hajar, dan pada tahun 2001 STIKes Siti Hajar untuk pertama kalinya meluluskan Mahasiswa Prodi DIII sebanyak 42 orang dengan predikat rata – rata sangat memuaskan.